Tháng 12, 1978, Việt Nam thông báo thành lập Mặt trận Campuchia thống nhất bảo vệ quốc gia (KUFNS) dưới sự lãnh đạo của Heng Samrin, một cựu chỉ huy trong quân đội Campuchia Dân chủ. Nó bao gồm những người Khmer cộng sản còn ở lại Việt Nam sau năm 1975 và các viên chức ở khu vực phía đông – như Heng Samrin và Hun Sen – người từng chạy sang Việt Nam từ Campuchia năm 1978. Cuối tháng 12 năm 1978, các lực lượng Việt Nam tấn công tổng lực vào Campuchia, chiếm Phnom Penh vào ngày 7 tháng 1, đuổi những tàn quân của nước Campuchia Dân chủ chạy về phía tây sang Thái Lan.

Được Việt Nam hậu thuẫn, ngày 8 tháng 1 năm 1979 Hội đồng Nhân dân Cách mạng nước Cộng hòa Nhân dân Campuchia do Heng Samrin làm Chủ tịch đã được thành lập. Tuy vậy chính quyền này chỉ được một số nước cộng sản công nhận và chưa tự bảo vệ được mà vẫn cần đến sự có mặt của quân đội Việt Nam. Năm 1981, Cộng hòa Nhân dân Campuchia tổ chức bầu quốc hội và ban hành hiến pháp.

Trong thời gian này, Campuchia Dân chủ của Khmer Đỏ vẫn giữ được ghế đại diện cho Campuchia ở Liên Hiệp Quốc.

Năm 1989, Việt Nam hoàn thành việc rút quân khỏi Campuchia. Các nỗ lực khôi phục hòa bình diễn ra sôi động trong thời gian 1989 và 1991 với hai hội nghị quốc tế ở Paris, và một phái đoàn gìn giữ hòa bình Liên Hiệp Quốc giúp đỡ duy trì ngừng bắn.

Ngày 23 tháng 10 năm 1991, Hội nghị Paris tái họp để ký kết một thỏa ước tổng thể, trao cho Liên Hiệp Quốc quyền giám sát ngừng bắn, hồi hương người tị nạn Khmer dọc theo biên giới Thái Lan, giải giáp và giải ngũ các phe xung đột, chuẩn bị tiến hành bầu cử tự do. Hoàng thân Sihanouk, Chủ tịch Hội đồng Quốc gia Tối cao Campuchia (SNC), và các thành viên khác của SNC trở về Phnom Penh tháng 11 năm 1991, bắt đầu quá trình hòa giải tại Campuchia. Phái đoàn Tối cao Liên Hiệp Quốc về Campuchia (UNAMIC) được triển khai cùng thời gian đó để duy trì liên lạc giữa các phe phái, bắt đầu các chiến dịch tháo mìn và đưa người tị nạn, khoảng 370 ngàn người, trở về từ Thái Lan.

Trong cuộc bầu cử do Liên Hiệp Quốc tổ chức năm 1993, có hơn 4 triệu người Campuchia (chừng 90% số người trong độ tuổi bầu cử) bỏ phiếu, mặc dù Khmer Đỏ, vốn không chịu giải giáp và giải ngũ, tìm cách đe dọa và ngăn chặn một số người tham gia bầu cử. Đảng FUNCINPEC của hoàng thân Ranariddh nhận được nhiều phiếu nhất, khoảng 45,5% số phiếu, tiếp theo là đảng Nhân dân của Hun Sen, rồi đến đảng Dân chủ Tự do Phật giáo. Đảng FUNCINPEC tiếp đó thành lập chính phủ liên minh với các đảng phái tham gia bầu cử, với quốc hội gồm 120 thành viên. Quốc hội thông qua hiến pháp mới ngày 24 tháng 9, theo đó Campuchia sẻ là một quốc gia quân chủ lập hiến, đa đảng, tự do, với cựu hoàng thân Sihanouk được đưa lên làm vua trở lại. Hoàng thân Ranariddh và Hun Sen trở thành Thủ tướng thứ nhất và thứ hai trong Chính phủ Hoàng gia Campuchia (RGC).